L'Istituto Sperimentale Agronomico di Bari ha quattro Sezioni operative centrali e due Sezioni periferiche.
- Sezioni operative centrali:
Agronomia generale (AG)
Agrotecnica degli ordinamenti produttivi
(AOP)
Fertilità agronomica (FA)
Irrigazione (IR)
- Sezioni operative periferiche:
Sezione di Metaponto
Sezione di Modena
